교환 교수가 된 신희 엄마는 시애틀로 가야 한다. 하지만 집을 구하지 못해서 신희를 할머니 댁에 맡겨놓고 먼저 집을 알아보러 시애틀로 간다. 그런데 신희는 할머니 댁 다락에서 [거인의 정원] 을 읽다가 쪽지를 발견한다.

 '신희에게. 정진초등학교. 도서실. [비행의 고대사]. 정원은 숲에 있어.'

 정원은 할머니가 돌아가신 아빠와 함께 가꾸던 아름다웠던 숲이다. 정원에서 신희는 난독증에 걸린 건우를 만나는데 건우는 1986년 사람이었다. 신희는 2013년 사람이었기 때문에 깜짝 놀랐다.

 신희는 어쩌다가 건우의 시간에도 들어갈 수 있게 되고 건우 친구 기요(기호)와도 친해진다. 그런데 미래로 돌아온 신희는 과학실 청소를 하다가 예전 글라이더 대회 우승자 사진을 보게 되고 건우와 기요의 현재를 알게 된다. 그 사진 속에는 건우와 기요가 있는데 함께 청소하던 지혜가 기요의 사진을 가리키며 기호 선생님이라고 말했기 때문이다.

 신희는 담임 선생님, 기요를 찾아간다. 둘은 스승과 제자가 아니라 옛 친구로 만남을 가졌고 안타깝게도 건우는 연구를 하다가 갑작스레 죽었다고 한다. 신희는 슬픔에 젖어 할머니 댁에서 헤어지기 전 건우에게 받은 [트로이 메라이]가 들리는 스노글로브를 듣는다.

 그 때 할머니가 놀라며 다가오고 신희는 건우에게 선물로 받은 거라고 했다. 할머니는 눈물을 흘렸다. 건우는 바로 신희의 아빠였다. 할머니는 아빠, 건우가 어릴 적 신희라는 친구를 만났는데 그 친구는 2013년에서 왔다고 하는 이야기를 듣고 믿지 않았다고 한다. 신희가 간 후 건우는 서서히 글도 읽고 쓰게 되었다고 한다. 할머니는 신희를 꼭 안아주었다.

 신희는 '시간'이 아빠 얼굴도 기억 못하는 신희에게 소중한 선물을 주었다고 생각한다.

 과거와 미래가 스쳐가는 너와 나의 정원. 과거와 미래의 이음새, 현재. 만약 '시간'과 친구가 된다면?