동북공정은 동북변강역사여현상계열연구공정(東北邊疆歷史與現狀系列硏究工程)의 줄임말로서 우리말로는 '동북 변경지역의 역사와 현상에 관한 체계적인 연구 과제(공정)'이다. 간단히 말해 중국의 국경 안에서 전개된 모든 역사를 중국의 역사로 편입하려는 연구 프로젝트이다.

이 사업은 2000년 당시 국가 부주석이었던 후진타오가 중국 사회과학원에 지시를 내려 승인한 사회과학 연구과제 가운데 하나였다. 그 뒤 2001년 북한이 국제연합교육과학문화기구에 고구려 고분군의 세계문화유산 등록을 신청한 것을 계기로 같은 해 6월 중앙정부 차원에서 본격적으로 추진하게 되었다.

연구는 크게 기초연구와 응용연구로 나뉘어 진행되며, 기간은 5년으로 2007년 2월에 연구가 마무리되었다. 중국 안에서도 낙후된 지역인 둥베이 3성지역 역사를 자국 역사로 만들어 둠으로써 한반도 통일 이후 제기될 수 있는 영토분쟁을 처음부터 예방하자는 데 목적을 둔다. 연구과제는 조선의 뿌리와 역사, 고구려 민족의 뿌리와 유민문제, 발해의 귀속문제, 한중 국경문제, 조선의 북진정책, 원과 고려의 관계, 고대중국 영토이론, 한반도의 민족문제 등 다방면에 걸쳐 있다.

이 과제는 중국이 주류민족 한족(漢族)과 나머지 55개 소수민족으로 이루어진 다민족국가로서 소수민족의 인구비율이 해마다 서서히 높아지는 현실에서 비롯되었고, 실질적인 목적은 중국의 전략지역인 동북지역, 특히 고구려·발해 등 한반도와 관련된 역사를 중국의 역사로 만들어 한반도가 통일되었을 때 일어날 가능성이 있는 영토분쟁을 미연에 방지하는 데 있다. 연구는 크게 기초연구와 응용연구로 나누어 진행된다. 주요 연구과제는 동북지방사 연구, 동북민족사 연구, 고조선사·고구려사·발해사 연구, 중국과 한반도 관계사 연구, 한반도 정세 및 변화와 그에 따른 중국 동북 변경지역의 안정에 관한 영향 연구 등이다.

특히 고조선·고구려·발해 등은 고대 중국의 동북지방에 속한 지방정권인데, 북한과 한국의 학자들이 이러한 사실을 왜곡하고 혼란을 부추기고 있다는 전제 아래 연구를 진행하고 있다.

2006년에 동북공정은 사실상 끝난 상태이며, 동북공정의 하나로 백두산은 중국 영토라는 이론을 만들고, 이를 바탕으로 대대적인 백두산 개발을 추진하는 ＜백두산공정＞이 추진되고 있다. 한편 중국정부는 동북공정에 앞서 1980년대에 서남공정과 서북공정을 국책사업으로 시작한 바 있다.