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크로마토그래피의 원리
크로마토그래피는 이와 같이 시료들이 섞여있는 혼합물을 이동상과 함께 정지상에 흘려보내면 시료의 특징에 따라 통과하는 속도가 다르다는 점을 이용해 시료를 분리해내는 방법이다.

종이크로마토그래피
종이에 검은 수성 사인펜으로 점을 찍은 후 수직으로 세워놓고 아래 부분이 물에 잠기도록하면 물이 종이를 따라 올라가면서 사인펜 속의 색소가 분리된다. 이때 종이처럼 고정되어 있는 물질을 정지상이라 하며, 물과 같이 위로 이동하는 물질을 이동상이라 한다. 색소들은 저마다 물을 따라 올라가는 속도가 달라 분리가 가능하다.

관크로마토그래피
관크로마토그래피의 경우, 관 속에 정지상으로 쓰일 물질을 채우고, 그 위에 시료혼합액과 함께 이동상을 흘려주면 정지상 사이사이로 시료혼합액과 이동상이 내려가게 된다. 이때도 역시 잘 흘러내려가는 시료가 있고 그렇지 못한 시료도 있어 통과 속도에 차이가 생긴다. 따라서 같은 길이의 관을 통과하는데 걸리는 시간이 시료마다 다르고, 이 시간 차이를 이용해 시료를 분리할 수 있다. 예를 들어 가장 빠른 수중 생물 중 하나인 새치와 사람이 바다에서 해류를 따라 200m 거리를 헤엄친다고 생각하자. 새치는 200m를 금방 도착할 것이고 사람은 그보다 늦게 도착할 것이다. 이때, 바닷물을 이동상, 바위나 해초 등 바다 속에 박혀 방해를 주는 것들을 정지상이라 할 수 있다. 새치는 이동 속도가 빠른 시료이고 사람은 이동 속도가 느린 시료라 할 수 있다.